Ek kurallı varyantlar tanıdık 9x9 ızgarayı korur ama standart satır, sütun ve blok koşullarının üstüne ek kurallar bindirir. Bu ek kurallar rakamların nereye gidebileceğini kısıtlar ve tanıdık ama belirgin biçimde farklı hissettiren bulmacalar yaratır. Çelişkili görünse de daha çok kısıt bazen bulmacayı kolaylaştırabilir; aday elemenin daha çok yolu vardır.
En basit varyant tek bir kural ekler: ızgaranın iki ana köşegeni de 1'den 9'a rakamları tam olarak birer kez içermelidir. Izgara, köşegenleri vurgulamak için çoğu zaman bir X ile işaretlenir. Bu tek ekleme, özellikle bir köşegenin bir satır, sütun ve blokla kesiştiği hücreler için yeni çıkarım yolları yaratır.
Köşegen Sudoku, klasik Sudoku'da rahat olan çözücüler için önerilen ilk varyanttır.
Hyper Sudoku, ızgaraya zıt renkle vurgulanan dört ek 3x3 bölge ekler. Bu bölgeler standart bloklarla örtüşür ve ek kısıtlar yaratır. Vurgulanan her bölge, tıpkı satırlar, sütunlar ve bloklar gibi 1'den 9'a rakamları içermelidir. Örtüşen kısıtlar birçok hücreyi çözmeyi kolaylaştırır; bu yüzden Hyper Sudoku bulmacaları çoğu zaman daha az verilen rakamla başlar.
Jigsaw Sudoku, dokuz 3x3 bloğu dokuz düzensiz biçimli bölgeyle değiştirir. Her satır ve sütun hâlâ 1'den 9'a içermelidir, her düzensiz bölge de öyle. Standart olmayan şekiller tanıdık desenleri bozar ve hangi hücrelerin etkileştiğini farklı düşünmeni zorlar. Jigsaw bulmacaları görsel olarak çarpıcıdır ve deneyimli çözücüler için şaşırtıcı biçimde ferahlatıcıdır.
Windoku, Hyper Sudoku'ya benzer ama dört ek bölgeyi pencere camlarına benzeyen konumlara, yani ızgara içinde eşit aralıklarla yerleştirir. Hyper Sudoku gibi, her pencere bölgesi 1'den 9'a içermelidir. Belirli konumlandırma, benzer kavrama rağmen Hyper Sudoku'dan farklı, kendine özgü kısıt etkileşimleri yaratır.
Anti-Knight Sudoku, satranç esinli bir kısıt ekler: at hamlesi uzaklıkta (L biçiminde) olan iki hücre aynı rakamı içeremez. Bu kural yalnızca bölgeler içinde değil, bütün ızgarada geçerlidir. Gözünde canlandırması zor ama eleme için güçlü bir kısıt ağı yaratır. Anti-Knight bulmacaları dikkatli uzamsal akıl yürütme ister.
Anti-King Sudoku, aynı rakamların çapraz komşu hücrelerde görünmesini engeller. Her hücrenin en çok dört çapraz komşusu olduğundan bu kısıt çok kapsamlıdır ve çoğu zaman bulmacaların çok az verilen rakamla başlamasına izin verir. Standart kurallarla birleşince Anti-King kısıtı ızgara boyunca yoğun mantıksal bağlantılar yaratır.
Birçok bulmaca tasarımcısı birden fazla kısıtı birleştirir; örneğin Köşegen Anti-Knight Sudoku ya da Hyper Jigsaw Sudoku. Bu melez varyantlar mevcut en zorlu Sudoku bulmacaları arasındadır ve çözücülerden birkaç kısıt sistemini aynı anda idare etmesini ister.