Varianter med ekstra regler beholder det velkendte 9x9-gitter, men lægger yderligere regler oven på de almindelige krav til række, kolonne og boks. De ekstra regler begrænser, hvor cifrene kan stå, og skaber opgaver, der føles velkendte, men alligevel tydeligt anderledes. Paradoksalt nok kan flere regler nogle gange gøre en opgave lettere, for der er flere måder at eliminere kandidater på.
Den mest ligefremme variant tilføjer én regel: begge hoveddiagonaler i gitteret skal også indeholde cifrene 1 til 9 præcis én gang. Gitteret er ofte markeret med et X for at fremhæve diagonalerne. Den ene tilføjelse skaber nye slutningsveje, især for felter i skæringspunktet mellem en diagonal og en række, kolonne og boks.
Diagonal sudoku er den anbefalede første variant for løsere, der er trygge ved klassisk sudoku.
Hyper sudoku tilføjer fire ekstra 3x3-områder til gitteret, fremhævet i en kontrastfarve. Områderne overlapper de almindelige bokse og skaber yderligere regler. Hvert fremhævet område skal indeholde cifrene 1 til 9, ligesom rækker, kolonner og bokse. De overlappende regler gør mange felter lettere at løse, så hyper sudoku-opgaver ofte starter med færre givne cifre.
Jigsaw sudoku erstatter de ni 3x3-bokse med ni uregelmæssigt formede områder. Hver række og kolonne skal stadig indeholde 1 til 9, og det skal hvert uregelmæssigt område også. De uvante former bryder velkendte mønstre og tvinger dig til at tænke anderledes over, hvilke felter der påvirker hinanden. Jigsaw-opgaver er visuelt slående og overraskende forfriskende for erfarne løsere.
Windoku ligner hyper sudoku, men placerer de fire ekstra områder, så de ligner vinduesruder: jævnt fordelt i gitteret. Som i hyper sudoku skal hvert vinduesområde indeholde 1 til 9. Den bestemte placering skaber særlige samspil mellem reglerne, der adskiller sig fra hyper sudoku trods den lignende idé.
Anti-knight sudoku tilføjer en skakinspireret regel: to felter, der ligger et springertræk fra hinanden (i et L), må ikke indeholde det samme ciffer. Reglen gælder hele gitteret, ikke kun inden for områder. Den skaber et net af regler, der er udfordrende at forestille sig, men stærkt til eliminering. Anti-knight-opgaver kræver omhyggelig rumlig tænkning.
Anti-king sudoku forhindrer, at ens cifre står i diagonalt tilstødende felter. Da hvert felt har op til fire diagonale naboer, er reglen vidtrækkende og gør det ofte muligt at starte opgaver med meget få givne tal. Sammen med de almindelige regler skaber anti-king-reglen tætte logiske forbindelser på tværs af gitteret.
Mange opgavedesignere kombinerer flere regler, for eksempel diagonal anti-knight sudoku eller hyper jigsaw sudoku. Disse hybridvarianter hører til blandt de sværeste sudokuopgaver, der findes, og kræver, at løseren jonglerer med flere regelsystemer på én gang.