Varianten mit Zusatzregeln behalten das vertraute 9x9-Gitter, legen aber zusätzliche Regeln über die üblichen Anforderungen an Zeile, Spalte und Block. Diese Zusatzregeln schränken ein, wo Ziffern stehen dürfen, und ergeben Rätsel, die vertraut wirken und sich doch deutlich anders anfühlen. Paradoxerweise können mehr Bedingungen ein Rätsel manchmal leichter machen: Es gibt mehr Wege, Kandidaten auszuschließen.
Die einfachste Variante fügt eine Regel hinzu: Auch beide Hauptdiagonalen des Gitters müssen die Ziffern 1 bis 9 genau einmal enthalten. Das Gitter ist oft mit einem X markiert, um die Diagonalen hervorzuheben. Diese eine Ergänzung schafft neue Schlusswege, besonders für Felder am Schnittpunkt einer Diagonale mit einer Zeile, Spalte und einem Block.
Diagonal-Sudoku ist die empfohlene erste Variante für Löser, die mit klassischem Sudoku vertraut sind.
Hyper-Sudoku fügt dem Gitter vier zusätzliche 3x3-Bereiche hinzu, in einer Kontrastfarbe hervorgehoben. Diese Bereiche überlappen die üblichen Blöcke und schaffen zusätzliche Bedingungen. Jeder hervorgehobene Bereich muss die Ziffern 1 bis 9 enthalten, genau wie Zeilen, Spalten und Blöcke. Die überlappenden Bedingungen machen viele Felder leichter lösbar, daher beginnen Hyper-Sudokus oft mit weniger vorgegebenen Ziffern.
Jigsaw-Sudoku ersetzt die neun 3x3-Blöcke durch neun unregelmäßig geformte Bereiche. Jede Zeile und Spalte muss weiterhin 1 bis 9 enthalten, ebenso jeder unregelmäßige Bereich. Die ungewohnten Formen brechen vertraute Muster und zwingen dich, anders darüber nachzudenken, welche Felder zusammenwirken. Jigsaw-Rätsel sehen eindrucksvoll aus und sind für erfahrene Löser überraschend erfrischend.
Windoku ähnelt dem Hyper-Sudoku, setzt die vier zusätzlichen Bereiche aber an Stellen, die an Fensterscheiben erinnern: gleichmäßig im Gitter verteilt. Wie beim Hyper-Sudoku muss jeder Fensterbereich 1 bis 9 enthalten. Die besondere Lage erzeugt eigene Wechselwirkungen der Bedingungen, die sich trotz ähnlichem Konzept vom Hyper-Sudoku unterscheiden.
Anti-Knight-Sudoku (Anti-Springer) fügt eine vom Schach inspirierte Bedingung hinzu: Keine zwei Felder, die einen Springerzug auseinanderliegen (in L-Form), dürfen dieselbe Ziffer enthalten. Diese Regel gilt im ganzen Gitter, nicht nur innerhalb von Bereichen. Sie erzeugt ein Netz von Bedingungen, das schwer zu überblicken, aber mächtig beim Ausschließen ist. Anti-Knight-Rätsel verlangen sorgfältiges räumliches Denken.
Anti-King-Sudoku (Anti-König) verhindert, dass gleiche Ziffern in diagonal benachbarten Feldern stehen. Da jedes Feld bis zu vier diagonale Nachbarn hat, reicht diese Bedingung weit und erlaubt oft, mit sehr wenigen Vorgaben zu beginnen. Zusammen mit den Standardregeln erzeugt die Anti-King-Bedingung dichte logische Verflechtungen im ganzen Gitter.
Viele Rätselautoren kombinieren mehrere Bedingungen, zum Beispiel Diagonal-Anti-Knight-Sudoku oder Hyper-Jigsaw-Sudoku. Diese Mischvarianten gehören zu den schwersten Sudokus überhaupt und verlangen von Lösern, mehrere Bedingungssysteme gleichzeitig im Blick zu behalten.