Varianten met extra regels houden het vertrouwde 9x9-rooster, maar leggen extra regels bovenop de gewone eisen voor rij, kolom en blok. Die extra regels beperken waar cijfers mogen staan, en maken puzzels die vertrouwd aanvoelen maar toch duidelijk anders zijn. Paradoxaal genoeg kunnen meer beperkingen een puzzel soms makkelijker maken, want er zijn meer manieren om kandidaten te schrappen.
De eenvoudigste variant voegt één regel toe: ook de twee hoofddiagonalen van het rooster moeten de cijfers 1 tot en met 9 precies één keer bevatten. Het rooster is vaak met een X gemarkeerd om de diagonalen te benadrukken. Die ene toevoeging schept nieuwe afleidingspaden, vooral voor vakjes op het snijpunt van een diagonaal met een rij, kolom en blok.
Diagonale sudoku is de aanbevolen eerste variant voor oplossers die zich thuis voelen bij klassieke sudoku.
Hypersudoku voegt vier extra 3x3-gebieden aan het rooster toe, gemarkeerd in een contrasterende kleur. Die gebieden overlappen de gewone blokken en scheppen extra beperkingen. Elk gemarkeerd gebied moet de cijfers 1 tot en met 9 bevatten, net als rijen, kolommen en blokken. Door de overlappende beperkingen zijn veel vakjes makkelijker op te lossen, dus hypersudoku's beginnen vaak met minder gegeven cijfers.
Jigsaw-sudoku vervangt de negen 3x3-blokken door negen onregelmatig gevormde gebieden. Elke rij en kolom moet nog steeds 1 tot en met 9 bevatten, en elk onregelmatig gebied ook. De afwijkende vormen doorbreken vertrouwde patronen en dwingen je anders na te denken over welke vakjes op elkaar inwerken. Jigsaw-puzzels zijn opvallend om te zien en verrassend verfrissend voor ervaren oplossers.
Windoku lijkt op hypersudoku, maar plaatst de vier extra gebieden op posities die op ruitjes van een raam lijken, gelijkmatig verdeeld over het rooster. Net als bij hypersudoku moet elk raamgebied 1 tot en met 9 bevatten. De specifieke plaatsing geeft unieke wisselwerkingen tussen beperkingen die afwijken van hypersudoku, ondanks het gelijkaardige idee.
Anti-knight-sudoku voegt een beperking toe die uit het schaken komt: geen twee vakjes die een paardensprong (in een L-vorm) van elkaar liggen, mogen hetzelfde cijfer bevatten. Deze regel geldt voor het hele rooster, niet alleen binnen gebieden. Het schept een web van beperkingen dat lastig te overzien is maar krachtig voor eliminatie. Anti-knight-puzzels vragen zorgvuldig ruimtelijk inzicht.
Anti-king-sudoku verbiedt dat identieke cijfers in diagonaal aangrenzende vakjes staan. Omdat elk vakje tot vier diagonale buren heeft, is deze beperking verstrekkend en kunnen puzzels vaak met heel weinig gegeven cijfers beginnen. Samen met de standaardregels schept de anti-king-beperking dichte logische verbanden over het hele rooster.
Veel puzzelmakers combineren meerdere beperkingen, bijvoorbeeld diagonale anti-knight-sudoku of hyper-jigsaw-sudoku. Deze hybride varianten behoren tot de moeilijkste sudokupuzzels die er bestaan, en vragen oplossers meerdere stelsels van beperkingen tegelijk te hanteren.