Варіанти з додатковими обмеженнями зберігають знайому сітку 9x9, але накладають додаткові правила поверх стандартних вимог до рядків, стовпців і блоків. Ці додаткові правила обмежують, де можуть стояти цифри, і створюють головоломки, що відчуваються знайомими, але помітно іншими. Парадоксально, більше обмежень іноді може полегшити головоломку: є більше способів виключати кандидатів.
Найпростіший варіант додає одне правило: обидві головні діагоналі сітки також мають містити цифри від 1 до 9 рівно по одному разу. Сітку часто позначають літерою X, щоб виділити діагоналі. Це єдине доповнення створює нові шляхи міркувань, особливо для клітинок на перетині діагоналі з рядком, стовпцем і блоком.
Діагональне судоку — рекомендований перший варіант для тих, кому комфортно з класичним судоку.
Гіпер-судоку (Hyper Sudoku) додає до сітки чотири додаткові області 3x3, виділені контрастним кольором. Ці області перекриваються зі стандартними блоками й створюють додаткові обмеження. Кожна виділена область мусить містити цифри від 1 до 9, так само як рядки, стовпці й блоки. Перекривні обмеження полегшують розв'язання багатьох клітинок, тож гіпер-судоку часто починаються з меншою кількістю заданих цифр.
Пазлове судоку (Jigsaw Sudoku) замінює дев'ять блоків 3x3 дев'ятьма областями нерегулярної форми. Кожен рядок і стовпець усе ще мусить містити від 1 до 9, і кожна нерегулярна область також. Нестандартні форми ламають знайомі візерунки й змушують інакше думати про те, які клітинки взаємодіють. Пазлові головоломки візуально вражають і напрочуд освіжають досвідчених гравців.
Windoku схоже на гіпер-судоку, але розміщує чотири додаткові області в позиціях, що нагадують віконні шибки, рівномірно розподілені по сітці. Як і в гіпер-судоку, кожна область-вікно мусить містити від 1 до 9. Конкретне розташування створює унікальні взаємодії обмежень, що відрізняються від гіпер-судоку попри схожу ідею.
Судоку «Антикінь» (Anti-Knight) додає обмеження, натхненне шахами: жодні дві клітинки на відстані ходу коня (Г-подібно) не можуть містити однакову цифру. Це правило діє по всій сітці, а не лише в областях. Воно створює мережу обмежень, яку складно уявити, але яка потужна для виключень. Головоломки «Антикінь» потребують уважного просторового мислення.
Судоку «Антикороль» (Anti-King) не дозволяє однаковим цифрам стояти в діагонально сусідніх клітинках. Оскільки кожна клітинка має до чотирьох діагональних сусідів, це обмеження далекосяжне й часто дозволяє починати головоломки з дуже малою кількістю заданих цифр. У поєднанні зі стандартними правилами «Антикороль» створює щільні логічні зв'язки по всій сітці.
Багато укладачів поєднують кілька обмежень, наприклад діагональне судоку «Антикінь» або гіпер-пазлове судоку. Ці гібридні варіанти належать до найскладніших судоку, що існують, і вимагають від гравця одночасно жонглювати кількома системами обмежень.