Varianter med ekstra regler beholder det kjente 9x9-brettet, men legger flere regler oppå de vanlige kravene til rad, kolonne og boks. Disse ekstra reglene begrenser hvor sifrene kan stå, og gir oppgaver som føles kjente, men likevel tydelig annerledes. Paradoksalt nok kan flere begrensninger noen ganger gjøre en oppgave enklere: det finnes flere måter å eliminere kandidater på.
Den enkleste varianten legger til én regel: begge hoveddiagonalene på brettet må også inneholde sifrene 1 til 9 nøyaktig én gang. Brettet er ofte markert med et X for å fremheve diagonalene. Dette ene tillegget skaper nye slutningsveier, særlig for ruter i skjæringspunktet mellom en diagonal og en rad, kolonne og boks.
Diagonal sudoku er den anbefalte første varianten for løsere som er komfortable med klassisk sudoku.
Hyper-sudoku legger 4 ekstra 3x3-områder til brettet, fremhevet i en kontrastfarge. Disse områdene overlapper de vanlige boksene og skaper flere begrensninger. Hvert fremhevet område må inneholde sifrene 1 til 9, akkurat som rader, kolonner og bokser. De overlappende begrensningene gjør mange ruter lettere å løse, så hyper-sudoku-oppgaver starter ofte med færre gitte siffer.
Jigsaw-sudoku erstatter de 9 3x3-boksene med 9 uregelmessig formede områder. Hver rad og kolonne må fortsatt inneholde 1 til 9, og det må hvert uregelmessige område også. De uvanlige formene bryter kjente mønstre og tvinger deg til å tenke annerledes om hvilke ruter som påvirker hverandre. Jigsaw-oppgaver er visuelt slående og overraskende forfriskende for erfarne løsere.
Windoku ligner på hyper-sudoku, men plasserer de 4 ekstra områdene på steder som ligner vindusruter: jevnt fordelt på brettet. Som i hyper-sudoku må hvert vindusområde inneholde 1 til 9. Den spesifikke plasseringen skaper unike samspill mellom begrensningene som skiller seg fra hyper-sudoku, til tross for den like ideen.
Anti-springer-sudoku legger til en sjakkinspirert begrensning: ingen 2 ruter som ligger et springertrekk fra hverandre (i en L-form), kan ha samme siffer. Denne regelen gjelder hele brettet, ikke bare innenfor områder. Den skaper et nett av begrensninger som er vanskelig å visualisere, men kraftfullt for eliminering. Anti-springer-oppgaver krever nøye romlig resonnement.
Anti-konge-sudoku hindrer like siffer i å stå i diagonalt tilstøtende ruter. Siden hver rute har opptil 4 diagonale naboer, rekker denne begrensningen langt og lar ofte oppgaver starte med svært få gitte tall. Sammen med de vanlige reglene skaper anti-konge-begrensningen tette logiske sammenhenger over hele brettet.
Mange oppgaveskapere kombinerer flere begrensninger, for eksempel diagonal anti-springer-sudoku eller hyper-jigsaw-sudoku. Disse hybridvariantene er blant de vanskeligste sudokuoppgavene som finnes, og krever at løserne sjonglerer flere begrensningssystemer samtidig.