추가 규칙 변형은 익숙한 9x9 판은 그대로 두고, 기본 행, 열, 박스 규칙 위에 규칙을 더 얹어요. 이 추가 규칙이 숫자가 들어갈 자리를 제한해서 익숙하면서도 확실히 다른 퍼즐이 돼요. 역설적이지만 제약이 많으면 후보를 지울 방법도 많아져서 퍼즐이 더 쉬워질 때도 있어요.
가장 간단한 변형은 규칙 하나를 더해요. 판의 두 주 대각선에도 1부터 9까지가 정확히 한 번씩 들어가야 해요. 대각선을 강조하려고 판에 X 표시를 하기도 해요. 이 한 가지 추가로 새로운 추론 경로가 생기고, 특히 대각선이 행, 열, 박스와 만나는 칸에서 그래요.
대각선 스도쿠는 클래식 스도쿠가 편한 사람에게 처음으로 권하는 변형이에요.
하이퍼 스도쿠는 판에 3x3 영역 4개를 더하고, 눈에 띄는 색으로 표시해요. 이 영역들은 기본 박스와 겹치면서 제약을 더해요. 표시된 영역에도 행, 열, 박스처럼 1부터 9까지가 들어가야 해요. 겹치는 제약 덕분에 많은 칸이 쉽게 풀려서, 하이퍼 스도쿠는 처음 숫자가 더 적은 채로 시작할 때가 많아요.
직소 스도쿠는 3x3 박스 9개를 불규칙한 모양의 영역 9개로 바꿔요. 행과 열에는 여전히 1부터 9까지가 들어가야 하고, 불규칙한 영역에도 마찬가지예요. 낯선 모양이 익숙한 패턴을 깨뜨려서 어느 칸끼리 서로 영향을 주는지 다르게 생각하게 돼요. 직소 퍼즐은 보기에도 인상적이고, 경험 많은 풀이꾼에게는 의외로 신선해요.
윈도쿠는 하이퍼 스도쿠와 비슷하지만, 추가 영역 4개를 창틀처럼 판 안에 고르게 떨어뜨려 놓아요. 하이퍼 스도쿠처럼 각 창 영역에도 1부터 9까지가 들어가야 해요. 위치가 달라서, 비슷한 개념인데도 하이퍼 스도쿠와는 다른 제약 상호작용이 생겨요.
안티 나이트 스도쿠는 체스에서 가져온 제약을 더해요. 나이트의 움직임(L자)만큼 떨어진 두 칸에는 같은 숫자가 들어갈 수 없어요. 이 규칙은 영역 안만이 아니라 판 전체에 적용돼요. 그려 보기는 어렵지만 소거에는 강력한 제약의 그물이 생겨요. 안티 나이트 퍼즐에는 신중한 공간 추론이 필요해요.
안티 킹 스도쿠는 대각선으로 이웃한 칸에 같은 숫자가 나오지 못하게 해요. 모든 칸에는 대각선 이웃이 최대 4개 있어서 이 제약의 영향이 넓고, 처음 숫자가 아주 적은 채로 시작하는 퍼즐이 가능할 때가 많아요. 기본 규칙과 합쳐지면 안티 킹 제약은 판 전체에 촘촘한 논리 연결을 만들어요.
많은 퍼즐 제작자가 여러 제약을 합쳐요. 예를 들어 대각선 안티 나이트 스도쿠나 하이퍼 직소 스도쿠가 있어요. 이런 혼합 변형은 구할 수 있는 스도쿠 중 가장 어려운 축에 들고, 여러 제약 체계를 동시에 다뤄야 해요.