Varijante sa dodatnim ograničenjima zadržavaju poznatu tablu 9x9, ali preko standardnih zahteva reda, kolone i kvadrata dodaju nova pravila. Ta dodatna pravila ograničavaju gde cifre mogu da stoje i prave zagonetke koje deluju poznato, a ipak su jasno drugačije. Paradoksalno, više ograničenja ponekad može da olakša zagonetku, jer postoji više načina da se eliminišu kandidati.
Najjednostavnija varijanta dodaje jedno pravilo: obe glavne dijagonale table takođe moraju da sadrže cifre od 1 do 9 tačno jednom. Tabla se često označava slovom X da istakne dijagonale. Ovaj jedan dodatak stvara nove puteve zaključivanja, posebno za polja na preseku dijagonale sa redom, kolonom i kvadratom.
Dijagonalni sudoku je preporučena prva varijanta za rešavače kojima je klasični sudoku udoban.
Hiper sudoku dodaje tabli četiri dodatna regiona 3x3, istaknuta kontrastnom bojom. Ti regioni se preklapaju sa standardnim kvadratima i stvaraju dodatna ograničenja. Svaki istaknuti region mora da sadrži cifre od 1 do 9, baš kao redovi, kolone i kvadrati. Preklapajuća ograničenja olakšavaju rešavanje mnogih polja, pa hiper sudoku zagonetke često počinju sa manje zadatih cifara.
Jigsaw sudoku zamenjuje devet kvadrata 3x3 sa devet regiona nepravilnog oblika. Svaki red i kolona i dalje moraju da sadrže od 1 do 9, a mora i svaki nepravilan region. Nestandardni oblici razbijaju poznate obrasce i teraju te da drugačije razmišljaš o tome koja polja međusobno deluju. Jigsaw zagonetke su vizuelno upečatljive i iznenađujuće osvežavajuće za iskusne rešavače.
Windoku je sličan hiper sudokuu, ali postavlja četiri dodatna regiona na položaje koji podsećaju na okna prozora, ravnomerno raspoređena u tabli. Kao kod hiper sudokua, svaki prozorski region mora da sadrži od 1 do 9. Poseban raspored stvara jedinstvene interakcije ograničenja koje se razlikuju od hiper sudokua uprkos sličnom konceptu.
Anti-skakač sudoku dodaje ograničenje inspirisano šahom: nijedna dva polja udaljena za potez skakača (u obliku slova L) ne smeju da sadrže istu cifru. Ovo pravilo važi na celoj tabli, a ne samo unutar regiona. Stvara mrežu ograničenja koju je teško predstaviti, ali je moćna za eliminaciju. Anti-skakač zagonetke traže pažljivo prostorno zaključivanje.
Anti-kralj sudoku sprečava da se iste cifre pojave u dijagonalno susednim poljima. Pošto svako polje ima do četiri dijagonalna suseda, ovo ograničenje je dalekosežno i često omogućava da zagonetke počnu sa vrlo malo zadatih cifara. U kombinaciji sa standardnim pravilima, anti-kralj ograničenje stvara guste logičke veze širom table.
Mnogi autori zagonetki kombinuju više ograničenja, na primer dijagonalni anti-skakač sudoku ili hiper jigsaw sudoku. Ove hibridne varijante spadaju među najizazovnije sudoku zagonetke, jer traže od rešavača da istovremeno žonglira sa nekoliko sistema ograničenja.