Lisapiirangutega variandid säilitavad tuttava 9x9 ruudustiku, kuid lisavad tavalise rea, veeru ja ruudu nõude peale täiendavaid reegleid. Need lisareeglid piiravad, kuhu numbrid minna saavad, luues mõistatusi, mis tunduvad tuttavad, aga on selgelt teistsugused. Paradoksaalselt võivad lisapiirangud mõnikord muuta mõistatuse lihtsamaks — kandidaatide kõrvaldamiseks on rohkem viise.
Kõige lihtsam variant lisab ühe reegli: ka mõlemad ruudustiku peadiagonaalid peavad sisaldama numbreid 1 kuni 9 täpselt üks kord. Ruudustik on sageli märgitud X-iga, et diagonaale esile tõsta. See üks lisand loob uusi järeldusteid, eriti lahtritele, kus diagonaal ristub rea, veeru ja ruuduga.
Diagonaalne sudoku on soovitatav esimene variant lahendajatele, kellel on klassikalise sudokuga mugav.
Hüpersudoku lisab ruudustikule neli täiendavat 3x3 piirkonda, esile tõstetud kontrastse värviga. Need piirkonnad kattuvad tavaruutudega, luues täiendavaid piiranguid. Iga esiletõstetud piirkond peab sisaldama numbreid 1 kuni 9, täpselt nagu read, veerud ja ruudud. Kattuvad piirangud muudavad paljud lahtrid lihtsamini lahendatavaks, seega algavad hüpersudoku mõistatused sageli vähemate etteantud numbritega.
Jigsaw sudoku asendab üheksa 3x3 ruutu üheksa ebakorrapärase kujuga piirkonnaga. Iga rida ja veerg peab ikka sisaldama 1 kuni 9 ning samuti iga ebakorrapärane piirkond. Mittestandardsed kujud purustavad tuttavad mustrid ja sunnivad mõtlema teisiti selle üle, millised lahtrid omavahel suhtlevad. Jigsaw mõistatused on visuaalselt silmatorkavad ja üllatavalt värskendavad kogenud lahendajatele.
Windoku on hüpersudokuga sarnane, aga paneb neli lisapiirkonda asukohtadesse, mis meenutavad aknaruute — ühtlaselt ruudustikus jaotatud. Nagu hüpersudokus, peab iga aknapiirkond sisaldama 1 kuni 9. Konkreetne paigutus loob ainulaadseid piirangute vastasmõjusid, mis erinevad hüpersudokust hoolimata sarnasest kontseptsioonist.
Anti-ratsu sudoku lisab males inspireeritud piirangu: kaks lahtrit, mis on ratsu käigu kaugusel (L-kujuliselt), ei tohi sisaldada sama numbrit. See reegel kehtib kogu ruudustikus, mitte ainult piirkondades. See loob piirangute võrgu, mida on raske ette kujutada, aga mis on kõrvaldamiseks võimas. Anti-ratsu mõistatused nõuavad hoolikat ruumilist arutlust.
Anti-kuninga sudoku takistab identsete numbrite ilmumist diagonaalselt kõrvuti asuvates lahtrites. Kuna igal lahtril on kuni neli diagonaalset naabrit, on see piirang kaugeleulatuv ja lubab sageli mõistatustel alata väga vähese arvu etteantud numbritega. Koos standardreeglitega loob anti-kuninga piirang tiheda loogilise läbipõimumise üle ruudustiku.
Paljud mõistatuste koostajad kombineerivad mitut piirangut — näiteks diagonaalne anti-ratsu sudoku või hüper jigsaw sudoku. Need hübriidvariandid on kõige keerulisemate saadaolevate sudokumõistatuste seas ja nõuavad lahendajatelt mitme piirangusüsteemi üheaegset käsitlemist.