Οι παραλλαγές με επιπλέον περιορισμούς κρατούν το γνώριμο πλέγμα 9x9 αλλά προσθέτουν επιπλέον κανόνες πάνω από τις συνηθισμένες απαιτήσεις γραμμής, στήλης και τετραγώνου. Αυτοί οι κανόνες περιορίζουν πού μπορούν να μπουν τα ψηφία και δημιουργούν γρίφους που μοιάζουν γνώριμοι αλλά είναι ξεκάθαρα διαφορετικοί. Παραδόξως, περισσότεροι περιορισμοί μπορούν μερικές φορές να κάνουν έναν γρίφο ευκολότερο — υπάρχουν περισσότεροι τρόποι να απαλείψεις υποψήφιους.
Η πιο απλή παραλλαγή προσθέτει έναν κανόνα: και οι δύο κύριες διαγώνιοι του πλέγματος πρέπει επίσης να περιέχουν τα ψηφία 1 έως 9 ακριβώς μία φορά. Το πλέγμα συχνά σημειώνεται με ένα X που τονίζει τις διαγωνίους. Αυτή η μοναδική προσθήκη δημιουργεί νέα μονοπάτια συμπερασμού, ειδικά για κελιά στη διασταύρωση μιας διαγωνίου με γραμμή, στήλη και τετράγωνο.
Το Διαγώνιο Σουντόκου είναι η προτεινόμενη πρώτη παραλλαγή για λύτες που νιώθουν άνετα με το κλασικό σουντόκου.
Το Hyper Σουντόκου προσθέτει στο πλέγμα τέσσερις επιπλέον περιοχές 3x3, τονισμένες με αντίθετο χρώμα. Αυτές οι περιοχές επικαλύπτονται με τα συνηθισμένα τετράγωνα και δημιουργούν πρόσθετους περιορισμούς. Κάθε τονισμένη περιοχή πρέπει να περιέχει τα ψηφία 1 έως 9, όπως οι γραμμές, οι στήλες και τα τετράγωνα. Οι επικαλυπτόμενοι περιορισμοί κάνουν πολλά κελιά ευκολότερα στη λύση, γι' αυτό οι γρίφοι Hyper Σουντόκου συχνά ξεκινούν με λιγότερα δεδομένα ψηφία.
Το Jigsaw Σουντόκου αντικαθιστά τα εννέα τετράγωνα 3x3 με εννέα περιοχές ακανόνιστου σχήματος. Κάθε γραμμή και στήλη πρέπει ακόμα να περιέχει τα 1 έως 9, και το ίδιο κάθε ακανόνιστη περιοχή. Τα μη τυπικά σχήματα σπάνε τα γνώριμα μοτίβα και σε αναγκάζουν να σκεφτείς διαφορετικά ποια κελιά αλληλεπιδρούν. Οι γρίφοι Jigsaw είναι οπτικά εντυπωσιακοί και εκπληκτικά αναζωογονητικοί για έμπειρους λύτες.
Το Windoku μοιάζει με το Hyper Σουντόκου αλλά τοποθετεί τις τέσσερις επιπλέον περιοχές σε θέσεις που θυμίζουν τζάμια παραθύρου — ισομοιρασμένες μέσα στο πλέγμα. Όπως στο Hyper Σουντόκου, κάθε περιοχή-παράθυρο πρέπει να περιέχει τα 1 έως 9. Η συγκεκριμένη τοποθέτηση δημιουργεί μοναδικές αλληλεπιδράσεις περιορισμών που διαφέρουν από το Hyper Σουντόκου παρά την παρόμοια ιδέα.
Το Anti-Knight Σουντόκου προσθέτει έναν περιορισμό εμπνευσμένο από το σκάκι: δύο κελιά που απέχουν μια κίνηση ίππου (σχήμα L) δεν μπορούν να περιέχουν το ίδιο ψηφίο. Ο κανόνας ισχύει σε ολόκληρο το πλέγμα, όχι μόνο μέσα σε περιοχές. Δημιουργεί ένα πλέγμα περιορισμών δύσκολο να το οπτικοποιήσεις αλλά ισχυρό για απαλοιφή. Οι γρίφοι Anti-Knight απαιτούν προσεκτική χωρική σκέψη.
Το Anti-King Σουντόκου εμποδίζει τα ίδια ψηφία να εμφανίζονται σε διαγώνια γειτονικά κελιά. Αφού κάθε κελί έχει έως τέσσερις διαγώνιους γείτονες, αυτός ο περιορισμός έχει μεγάλη εμβέλεια και συχνά επιτρέπει σε γρίφους να ξεκινούν με πολύ λίγα δεδομένα. Σε συνδυασμό με τους συνηθισμένους κανόνες, ο περιορισμός Anti-King δημιουργεί πυκνές λογικές διασυνδέσεις σε όλο το πλέγμα.
Πολλοί δημιουργοί γρίφων συνδυάζουν πολλαπλούς περιορισμούς — για παράδειγμα Διαγώνιο Anti-Knight Σουντόκου ή Hyper Jigsaw Σουντόκου. Αυτές οι υβριδικές παραλλαγές είναι από τους δυσκολότερους γρίφους σουντόκου που υπάρχουν, και απαιτούν από τους λύτες να χειρίζονται ταυτόχρονα αρκετά συστήματα περιορισμών.