Različice z dodatnimi omejitvami ohranijo znano mrežo 9x9, a na standardne zahteve vrstic, stolpcev in kvadratov naložijo dodatna pravila. Ta dodatna pravila omejujejo, kam lahko gredo številke, in ustvarjajo uganke, ki se zdijo znane, a so vendarle očitno drugačne. Paradoksalno lahko več omejitev včasih uganko olajša, saj je več načinov za izločanje kandidatov.
Najpreprostejša različica doda eno pravilo: tudi obe glavni diagonali mreže morata vsebovati številke od 1 do 9 po enkrat. Mreža je pogosto označena z X, da diagonali poudari. Ta ena dodatna zahteva ustvari nove poti sklepanja, zlasti za polja na preseku diagonale z vrstico, stolpcem in kvadratom.
Diagonalni sudoku je priporočena prva različica za reševalce, ki jim klasični sudoku ne dela težav.
Hiper sudoku doda mreži štiri dodatna območja 3x3, poudarjena v kontrastni barvi. Ta območja se prekrivajo s standardnimi kvadrati in ustvarjajo dodatne omejitve. Vsako poudarjeno območje mora vsebovati številke od 1 do 9, prav tako kot vrstice, stolpci in kvadrati. Zaradi prekrivajočih se omejitev je številna polja lažje rešiti, zato hiper sudoku uganke pogosto začnejo z manj danimi števili.
Jigsaw sudoku nadomesti devet kvadratov 3x3 z devetimi nepravilno oblikovanimi območji. Vsaka vrstica in stolpec morata še vedno vsebovati od 1 do 9, prav tako vsako nepravilno območje. Nestandardne oblike razbijejo znane vzorce in te prisilijo, da drugače razmišljaš o tem, katera polja vplivajo druga na druga. Jigsaw uganke so vizualno presenetljive in za izkušene reševalce presenetljivo osvežujoče.
Windoku je podoben hiper sudokuju, a postavi štiri dodatna območja na mesta, ki spominjajo na okenske šipe, enakomerno razporejena po mreži. Kot pri hiper sudokuju mora vsako okensko območje vsebovati od 1 do 9. Posebna postavitev ustvari edinstvene interakcije omejitev, ki se razlikujejo od hiper sudokuja kljub podobnemu konceptu.
Anti-Knight sudoku doda omejitev, navdihnjeno s šahom: nobeni dve polji, ki sta oddaljeni za skok skakača (v obliki črke L), ne smeta vsebovati iste številke. To pravilo velja po vsej mreži, ne le znotraj območij. Ustvari mrežo omejitev, ki jo je težko predstavljati, a je močna za izločanje. Anti-Knight uganke zahtevajo skrbno prostorsko sklepanje.
Anti-King sudoku prepreči, da bi se enake številke pojavile v diagonalno sosednjih poljih. Ker ima vsako polje do štiri diagonalne sosede, je ta omejitev dalekosežna in pogosto omogoča, da uganke začnejo z zelo malo danimi števili. V kombinaciji s standardnimi pravili omejitev Anti-King ustvari goste logične povezave po vsej mreži.
Mnogi snovalci ugank združujejo več omejitev, na primer diagonalni Anti-Knight sudoku ali hiper jigsaw sudoku. Te hibridne različice so med najtežjimi sudoku ugankami, ki so na voljo, in od reševalcev zahtevajo, da hkrati žonglirajo z več sistemi omejitev.