Varianter med extra regler behåller det välkända 9x9-rutnätet men lägger ytterligare regler ovanpå de vanliga kraven för rader, kolumner och rutor. De extra reglerna begränsar var siffrorna får stå, och ger pussel som känns bekanta men ändå tydligt annorlunda. Paradoxalt nog kan fler regler ibland göra ett pussel lättare: det finns fler sätt att eliminera kandidater.
Den enklaste varianten lägger till en enda regel: båda huvuddiagonalerna i rutnätet måste också innehålla siffrorna 1 till 9 exakt en gång. Rutnätet markeras ofta med ett X för att framhäva diagonalerna. Det här enda tillägget skapar nya slutledningsvägar, särskilt för celler där en diagonal korsar en rad, en kolumn och en ruta.
Diagonal sudoku är den rekommenderade första varianten för lösare som är bekväma med klassisk sudoku.
Hypersudoku lägger till 4 extra 3x3-områden i rutnätet, markerade med en kontrasterande färg. De här områdena överlappar de vanliga rutorna och skapar ytterligare villkor. Varje markerat område måste innehålla siffrorna 1 till 9, precis som rader, kolumner och rutor. De överlappande villkoren gör många celler lättare att lösa, så hypersudokupussel börjar ofta med färre givna siffror.
Jigsaw-sudoku ersätter de 9 3x3-rutorna med 9 oregelbundet formade områden. Varje rad och kolumn måste fortfarande innehålla 1 till 9, och det måste varje oregelbundet område också. De ovanliga formerna bryter välkända mönster och tvingar dig att tänka annorlunda kring vilka celler som påverkar varandra. Jigsaw-pussel är visuellt slående och förvånansvärt uppfriskande för erfarna lösare.
Windoku liknar hypersudoku men placerar de 4 extra områdena på platser som liknar fönsterrutor, jämnt fördelade i rutnätet. Precis som i hypersudoku måste varje fönsterområde innehålla 1 till 9. Den specifika placeringen skapar unika samspel mellan villkoren som skiljer sig från hypersudoku trots det liknande konceptet.
Anti-springare-sudoku lägger till ett schackinspirerat villkor: inga 2 celler som ligger ett springarsteg från varandra (i L-form) får innehålla samma siffra. Regeln gäller hela rutnätet, inte bara inom områden. Den skapar ett nät av villkor som är svårt att visualisera men kraftfullt för eliminering. Anti-springare-pussel kräver noggrant rumsligt tänkande.
Anti-kung-sudoku hindrar identiska siffror från att stå i diagonalt angränsande celler. Eftersom varje cell har upp till 4 diagonala grannar är villkoret mycket långtgående och gör ofta att pussel kan börja med mycket få givna siffror. Tillsammans med de vanliga reglerna skapar anti-kung-villkoret täta logiska samband över hela rutnätet.
Många pusselkonstruktörer kombinerar flera villkor, till exempel diagonal anti-springare-sudoku eller hyper-jigsaw-sudoku. De här hybridvarianterna hör till de mest utmanande sudokupussel som finns, och kräver att lösaren hanterar flera villkorssystem samtidigt.