Вариантите с допълнителни ограничения запазват познатата дъска 9x9, но наслагват допълнителни правила върху стандартните изисквания за редове, колони и блокове. Тези допълнителни правила ограничават къде могат да отидат цифрите и създават пъзели, които изглеждат познати, но са различни. Парадоксално, повече ограничения понякога могат да направят пъзела по-лесен — има повече начини за елиминиране на кандидати.
Най-простият вариант добавя едно правило: и двата главни диагонала на дъската също трябва да съдържат цифрите от 1 до 9 по веднъж. Дъската често е отбелязана с X, за да се откроят диагоналите. Това единично добавяне създава нови пътища за извеждане, особено за клетки в пресечката на диагонал с ред, колона и блок.
Диагоналното судоку е препоръчителният първи вариант за решаващи, на които им е удобно с класическото судоку.
Хипер судоку добавя четири допълнителни региона 3x3 към дъската, откроени в контрастен цвят. Тези региони се припокриват със стандартните блокове и създават допълнителни ограничения. Всеки откроен регион трябва да съдържа цифрите от 1 до 9, точно като редовете, колоните и блоковете. Припокриващите се ограничения правят много клетки по-лесни за решаване, така че пъзелите на хипер судоку често започват с по-малко дадени цифри.
Джигсоу судоку замества деветте блока 3x3 с девет региона с неправилна форма. Всеки ред и колона още трябва да съдържат от 1 до 9, както и всеки неправилен регион. Нестандартните форми разбиват познатите шаблони и те карат да мислиш по различен начин за това кои клетки си взаимодействат. Джигсоу пъзелите са визуално впечатляващи и изненадващо освежаващи за опитни решаващи.
Виндоку (Windoku) е подобно на хипер судоку, но поставя четирите допълнителни региона на позиции, които приличат на прозоречни стъкла — равномерно разпределени в дъската. Както при хипер судоку, всеки прозоречен регион трябва да съдържа от 1 до 9. Конкретното разположение създава уникални взаимодействия между ограниченията, които се различават от хипер судоку въпреки сходната идея.
Анти-кон судоку (Anti-Knight) добавя ограничение, вдъхновено от шаха: две клетки, които са на разстояние един ход на коня (Г-образно), не могат да съдържат една и съща цифра. Това правило важи за цялата дъска, а не само в рамките на региони. То създава мрежа от ограничения, която е трудна за представяне, но мощна за елиминиране. Анти-кон пъзелите изискват внимателно пространствено мислене.
Анти-цар судоку (Anti-King) не позволява еднакви цифри в диагонално съседни клетки. Тъй като всяка клетка има до четири диагонални съседа, това ограничение е далекосъжно и често позволява на пъзелите да започват с много малко дадени цифри. Съчетано със стандартните правила, ограничението анти-цар създава гъсти логически връзки в цялата дъска.
Много автори на пъзели комбинират няколко ограничения — например диагонално анти-кон судоку или хипер джигсоу судоку. Тези хибридни варианти са сред най-трудните судоку пъзели, които съществуват, и изискват от решаващите да жонглират с няколко системи от ограничения едновременно.